Gepubliceerd op 9 november 2025 · Laatst bijgewerkt op 13 oktober 2026
Een agrarisch bedrijf dat stikstof uitstoot die neerslaat op een Natura 2000-gebied, heeft in de regel een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit nodig, ook bij een wijziging zonder toename van de uitstoot (intern salderen). Daarnaast geldt sinds 1 januari 2026 zonder derogatie de Europese norm van 170 kilogram stikstof uit dierlijke mest per hectare per jaar.
Uitzonderingen zijn er alleen als op basis van objectieve gegevens significante gevolgen voor de natuur zijn uitgesloten. Hieronder leest u welke regels gelden voor stikstof, mest en vergunningen, en hoe u zich verweert tegen een besluit of handhaving.
Inhoudsopgave
Wanneer heeft u een natuurvergunning nodig?
U heeft een vergunning nodig als een project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied, zoals artikel 6 lid 3 van de Habitatrichtlijn voorschrijft. Sinds 1 januari 2024 heet de vroegere natuurvergunning onder de Wet natuurbescherming een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit; meestal beslissen Gedeputeerde Staten.
De stikstofdepositie wordt berekend met AERIUS Calculator. Kunnen significante gevolgen niet op basis van objectieve gegevens worden uitgesloten, dan is een passende beoordeling nodig en mag de vergunning alleen worden verleend als zeker is dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet worden aangetast.
Wat betekende de PAS-uitspraak?
Op 29 mei 2019 oordeelde de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State dat het Programma Aanpak Stikstof niet als basis voor toestemming mocht dienen (ECLI:NL:RVS:2019:1603). Sindsdien moet elk project afzonderlijk worden beoordeeld.
PAS-melders zijn bedrijven die onder het PAS met alleen een melding of zonder toestemming mochten uitbreiden. Zij hebben nu geen vergunning voor die uitbreiding. De overheid werkt aan legalisatie, maar zolang die er niet is, lopen zij het risico van een handhavingsverzoek door derden.
Mag u nog intern salderen zonder vergunning?
Nee. Op 18 december 2024 besliste de Afdeling dat ook een wijziging waarbij de stikstofuitstoot niet toeneemt, vergunningplichtig is als significante gevolgen niet zijn uitgesloten (ECLI:NL:RVS:2024:4923). In een vervolguitspraak van 3 september 2025 werkte de Afdeling dit uit: voor het hele gewijzigde project is dan een vergunning nodig (ECLI:NL:RVS:2025:4231).
Die laatste uitspraak bepaalde ook dat een zogenoemde positieve weigering onder de Wet natuurbescherming geen toestemming is. U kunt daaraan dus geen vergunde uitgangssituatie ontlenen. Controleer daarom welke natuurvergunning of milieutoestemming uw bedrijf werkelijk heeft.
Welke mestregels gelden er?
De Meststoffenwet en de Nitraatrichtlijn bepalen hoeveel mest u mag gebruiken. Voor dierlijke mest geldt een maximum van 170 kilogram stikstof per hectare per jaar; daarnaast zijn er gebruiksnormen voor totale stikstof en fosfaat per gewas en grondsoort.
De derogatie, waarmee melkveebedrijven onder voorwaarden meer dierlijke mest mochten gebruiken, werd afgebouwd en eindigde op 31 december 2025. Sinds 2026 moeten bedrijven die eerder derogatie hadden het overschot afvoeren of hun veestapel aanpassen. Het Actieprogramma Nitraatrichtlijn bevat aanvullende regels, zoals bufferstroken langs watergangen en verplichte vanggewassen.
Welke administratie moet u bijhouden?
U registreert de productie, aanvoer en afvoer van mest, met een vervoersbewijs bij elk transport van dierlijke mest, en meldt die gegevens bij RVO. Voor melkvee geldt het stelsel van fosfaatrechten; voor varkens en pluimvee gelden productierechten. Zonder voldoende rechten mag u niet meer dieren houden.
Welke andere vergunningen en regels spelen mee?
Voor het houden van landbouwhuisdieren gelden onder de Omgevingswet regels uit het Besluit activiteiten leefomgeving, waaronder emissiegrenswaarden voor ammoniak uit stallen. Voor grotere veehouderijen is ook een omgevingsvergunning voor een milieubelastende activiteit nodig, en het omgevingsplan van de gemeente bepaalt of uitbreiding ruimtelijk is toegestaan.
Een emissiearm staltype of luchtwasser verlaagt de berekende uitstoot alleen als het systeem in de praktijk ook werkt zoals vergund. Leg de onderhoudsgegevens daarom vast. Meer over de omgevingsvergunning leest u in ons artikel over vergunningen onder de Omgevingswet.
Hoe verweert u zich tegen een besluit?
Tegen een besluit op grond van de Meststoffenwet of de Omgevingswet maakt u binnen zes weken na bekendmaking bezwaar (artikel 6:7 Awb). Is het besluit voorbereid met de uniforme openbare voorbereidingsprocedure van afdeling 3.4 Awb, dan geeft u eerst een zienswijze en gaat u daarna direct in beroep.
In mestzaken is het College van Beroep voor het bedrijfsleven de hoogste rechter; afhankelijk van het besluit gaat het beroep direct naar het CBb of eerst naar de rechtbank. Bij een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit is de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State de hoogste rechter. Is het spoedeisend, dan kunt u een voorlopige voorziening vragen (artikel 8:81 Awb). Een stappenplan staat in ons artikel over bezwaar en beroep in het bestuursrecht.
Wat kunt u verwachten bij handhaving?
NVWA en RVO controleren de mestregels; de provincie houdt toezicht op Natura 2000-activiteiten. Bij een overtreding kan het bevoegd gezag een last onder dwangsom of bestuursdwang opleggen, en voor de Meststoffenwet ook een bestuurlijke boete.
Overtredingen van de Meststoffenwet en van de natuurregels zijn ook economische delicten, die het Openbaar Ministerie strafrechtelijk kan vervolgen. Natuurorganisaties en omwonenden kunnen de provincie om handhaving vragen; op zo’n verzoek moet een besluit volgen waartegen u bezwaar kunt maken. Zie ook milieudelicten en strafrechtelijke handhaving.
Waar let u als agrarisch ondernemer op?
- Stel vast welke natuurvergunning of milieutoestemming uw bedrijf heeft en wat die precies toestaat.
- Laat elke wijziging in stal, diersoort of aantallen vooraf doorrekenen met AERIUS.
- Controleer of uw fosfaat- of productierechten passen bij de veestapel.
- Houd de mestadministratie en vervoersbewijzen volledig bij.
- Reageer binnen de termijn op een handhavingsvoornemen of handhavingsverzoek.
Wat kunnen wij voor u doen bij stikstof en mest?
- uw bestaande toestemmingen en de referentiesituatie beoordelen;
- een vergunningaanvraag juridisch voorbereiden en begeleiden;
- zienswijzen, bezwaarschriften en beroepschriften opstellen en de termijnen bewaken;
- u bijstaan bij een handhavingsverzoek, last onder dwangsom of bestuurlijke boete;
- procederen bij de rechtbank, het CBb of de Raad van State, vanuit onze praktijk als advocaat bestuursrecht.
Samengevat
- Stikstofuitstoot met mogelijk significante gevolgen voor Natura 2000 vereist een omgevingsvergunning.
- Intern salderen is sinds de uitspraak van 18 december 2024 niet meer vergunningvrij.
- Sinds 2026 geldt zonder derogatie 170 kg stikstof uit dierlijke mest per hectare.
- Bezwaar maakt u binnen zes weken; mestzaken eindigen bij het CBb, natuurvergunningen bij de Raad van State.
Veelgestelde vragen
Heb ik een vergunning nodig als mijn uitstoot niet toeneemt?
Vaak wel. Sinds ECLI:NL:RVS:2024:4923 is ook een wijziging zonder toename vergunningplichtig als significante gevolgen niet op basis van objectieve gegevens zijn uitgesloten.
Wat is een PAS-melder?
Een bedrijf dat onder het Programma Aanpak Stikstof met een melding of zonder toestemming mocht uitbreiden. Na de uitspraak van 29 mei 2019 ontbreekt voor die uitbreiding een geldige toestemming.
Wie controleert de mestregels?
RVO beheert de registratie en fosfaatrechten; de NVWA houdt toezicht en kan handhaven. Bij ernstige overtredingen kan het Openbaar Ministerie vervolgen.
Kan een natuurorganisatie mijn bedrijf laten stilleggen?
Een organisatie kan de provincie om handhaving vragen. De provincie beslist daarover in een besluit, waartegen u en de organisatie bezwaar en beroep kunnen instellen.
Lees ook: stikstof en agrarische bedrijven, bestuursrechtelijke handhaving en boete of straf bij overtreding van milieuwetgeving.
